Formé en RDA à l'école de Babelsberg, il a réalisé de nombreux documentaires au sein de l'unité spécialisée de la DEFA de 1970 à 1990, puis il a poursuivi ses travaux après la chute du mur de Berlin, en particulier sur la ville et les gens de Wittstock, où il avait tourné une série de cinq films de 1975 à 1984. Cet ensemble d'observations sur la vie en RDA s'est prolongé au lendemain de la réunification avec Neues in Wittstock (1992), où Koepp étudie les habitants face au changement, et Wittstock, Wittstock (1997), tourné comme les films précédents avec le même cameraman, Christian Lehmann.Considéré comme un des documentaristes allemands les plus importants, il a réalisé dans les années 90 Kalte Heimat (1995), sur l'enclave russe de Kaliningrad/Koenigsberg, et Herr Zwilling und Frau Zuckermann, sur les Juifs survivants de Czernowitz, une ville de Galicie appartenant aujourd'hui à l'Ukraine.