Sa mère avait connu le magicien Crowley et son père l'initie très tôt à l'alchimie : d'où, sans doute, le goût de cet original pour les significations occultes et l'idée de Grand uvre. Parallèlement à des études d'anthropologie aux universités de l'État de Washington et de Californie, il peint sur toile et sur pellicule. Il fait ainsi, avec l'aide de diverses drogues, des films abstraits en couleurs, sans caméra (N 1, 2, 3), entre 1939 et 1946, puis avec caméra (N 4, 5, 6, 7), en 1950-51. Installé à New York, il abandonne l'abstraction pour l'animation de figures découpées dans de vieux livres ou des catalogues, à la façon de Max Ernst. Les N 10 et 11 présentent « le bouddhisme et la kabbale en forme de collage » et en couleurs somptueuses. Le N 12, également appelé Heaven and Earth Magic, avec une allure très Méliès, raconte un voyage initiatique et halluciné. Le N 13 devait adapter The Wizard of Oz, mais est interrompu en 1962. Harry Smith passe alors à la prise de vues réelle avec les surimpressions de Late Superimpositions (1964-65), préfiguration d'un Mahagonny d'après Brecht et Weill, commencé en 1969 et en voie d'achèvement permanente.